[R-sig-phylo] is.binary() says "FALSE" after using multi2di()

[Pedro Pequeno]

Dear colleagues,

I have a tree with several polytomies, and I am trying to make it binary
using multi2di(). However, when I ask is.binary(), R keeps telling me
"FALSE". Any idea on what the problem may be? It looks like I am missing
something trivial...

Below you will find the tree. Thank you for your attention.

Best wishes,

Pedro Pequeno

##### Tree I am using:

((((((((((((Sp_102:16,Sp_101:16,Sp_100:16,Sp_99:16,Sp_98:16):5,(((Sp_97:13,Sp_96:13,Sp_95:13,Sp_94:13):4,Sp_93:17):2):2,Sp_92:21):2,Sp_91:23):3,(Sp_90:24,Sp_89:24,Sp_88:24,Sp_87:24,Sp_86:24):2):10,((((((((Sp_85:2,Sp_84:2,Sp_83:2):10,Sp_82:12):10,Sp_81:23):2,(Sp_80:15,Sp_79:15):10):2,Sp_78:27):3,(((Sp_77:9,Sp_76:9):5,Sp_75:14,Sp_74:14):6,Sp_73:20):10):3,((Sp_72:22,Sp_71:22,Sp_70:22):5.5,Sp_69:28):5.5):3,((((Sp_68:14,Sp_67:14):11,Sp_66:25,(Sp_65:12,Sp_64:12):12,Sp_63:25):7,(((((((Sp_62:4,Sp_61:4):4,Sp_60:8):4,Sp_59:12):2,((Sp_58:3.5,Sp_57:3.5):3.5,Sp_56:7):7):3,Sp_55:17):2,(Sp_54:15,Sp_53:15):4):6,(Sp_52:20,Sp_51:20):5):7):2,((((Sp_50:17,Sp_49:17):9,(Sp_48:20,Sp_47:20):6):2,(Sp_46:26,Sp_45:26):2):5,((Sp_44:20,Sp_43:20):10,((Sp_42:17,Sp_41:17,Sp_40:17,Sp_39:17,Sp_38:17,Sp_37:17,Sp_36:17):12,(Sp_35:14,Sp_34:14):14):1):3):1):2):0.5):0.5,(Sp_33:29,Sp_32:29):8):8,((((((Sp_31:11,Sp_30:11):2,Sp_29:13):3,(Sp_28:8,Sp_27:8):8,((Sp_26:5.3,Sp_25:5.3):5.3,(Sp_24:5.3,Sp_23:5.3):5.3):5.3,Sp_22:16,Sp_
21:16):8):8,Sp_20:32):2,Sp_19:34):11):9,((((((Sp_18:14,Sp_17:14):4,Sp_16:18):1,Sp_15:19):2,Sp_14:21):11,(Sp_13:21,Sp_12:21,Sp_11:21):11):5,Sp_10:37):17):12,(((Sp_9:14,Sp_8:14,Sp_7:14):15,Sp_6:29):27,Sp_5:56):10):25,Sp_4:91):59,(Sp_3:62,Sp_2:62):88):20,Sp_1:1.7e+02);

[[alternative HTML version deleted]]

_______________________________________________
R-sig-phylo mailing list - R-sig-***@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo
Searchable archive at http://www.mail-archive.com/r-sig-***@r-project.org/

[Graham Slater]

Hi Pedro,

multi2di on this newick string returns a tree of 102 tips with 103 nodes, so you seem to have a badly formatted tree. Plotting the resulting tree with all edge lengths = 1 does not immediately reveal, at least to me, where the issue(s) lie but perhaps it will to you?

Graham
------------------------------------------------------
Graham J. Slater
Assistant Professor
Department of the Geophysical Sciences
University of Chicago
5734 S. Ellis Avenue
Chicago, IL 60637 USA

Tel: [phone]
email: ***@uchicago.edu<mailto:***@uchicago.edu>
www.fourdimensionalbiology.com<http://www.fourdimensionalbiology.com>






On May 14, 2018, at 10:16 AM, Pedro Pequeno <***@gmail.com<mailto:***@gmail.com>> wrote:

((((((((((((Sp_102:16,Sp_101:16,Sp_100:16,Sp_99:16,Sp_98:16):5,(((Sp_97:13,Sp_96:13,Sp_95:13,Sp_94:13):4,Sp_93:17):2):2,Sp_92:21):2,Sp_91:23):3,(Sp_90:24,Sp_89:24,Sp_88:24,Sp_87:24,Sp_86:24):2):10,((((((((Sp_85:2,Sp_84:2,Sp_83:2):10,Sp_82:12):10,Sp_81:23):2,(Sp_80:15,Sp_79:15):10):2,Sp_78:27):3,(((Sp_77:9,Sp_76:9):5,Sp_75:14,Sp_74:14):6,Sp_73:20):10):3,((Sp_72:22,Sp_71:22,Sp_70:22):5.5,Sp_69:28):5.5):3,((((Sp_68:14,Sp_67:14):11,Sp_66:25,(Sp_65:12,Sp_64:12):12,Sp_63:25):7,(((((((Sp_62:4,Sp_61:4):4,Sp_60:8):4,Sp_59:12):2,((Sp_58:3.5,Sp_57:3.5):3.5,Sp_56:7):7):3,Sp_55:17):2,(Sp_54:15,Sp_53:15):4):6,(Sp_52:20,Sp_51:20):5):7):2,((((Sp_50:17,Sp_49:17):9,(Sp_48:20,Sp_47:20):6):2,(Sp_46:26,Sp_45:26):2):5,((Sp_44:20,Sp_43:20):10,((Sp_42:17,Sp_41:17,Sp_40:17,Sp_39:17,Sp_38:17,Sp_37:17,Sp_36:17):12,(Sp_35:14,Sp_34:14):14):1):3):1):2):0.5):0.5,(Sp_33:29,Sp_32:29):8):8,((((((Sp_31:11,Sp_30:11):2,Sp_29:13):3,(Sp_28:8,Sp_27:8):8,((Sp_26:5.3,Sp_25:5.3):5.3,(Sp_24:5.3,Sp_23:5.3):5.3):5.3,Sp_!
22:16,Sp_
21:16):8):8,Sp_20:32):2,Sp_19:34):11):9,((((((Sp_18:14,Sp_17:14):4,Sp_16:18):1,Sp_15:19):2,Sp_14:21):11,(Sp_13:21,Sp_12:21,Sp_11:21):11):5,Sp_10:37):17):12,(((Sp_9:14,Sp_8:14,Sp_7:14):15,Sp_6:29):27,Sp_5:56):10):25,Sp_4:91):59,(Sp_3:62,Sp_2:62):88):20,Sp_1:1.7e+02);


[[alternative HTML version deleted]]

_______________________________________________
R-sig-phylo mailing list - R-sig-***@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo
Searchable archive at http://www.mail-archive.com/r-sig-***@r-project.org/

[Liam J. Revell]

Dear Pedro.

It looks like Graham has identified the problem - that the tree has some
'singleton' nodes. These are nodes with only one (rather than 2 or more)
descendant edges. This can be fixed using:

tree<-collapse.singles(tree)

from the 'ape' package. Hopefully this helps.

All the best, Liam

Liam J. Revell, Associate Professor of Biology
University of Massachusetts Boston
& Profesor Asociado, Programa de Biología
Universidad del Rosario
web: http://faculty.umb.edu/liam.revell/

Post by Graham Slater
Hi Pedro,
multi2di on this newick string returns a tree of 102 tips with 103 nodes, so you seem to have a badly formatted tree. Plotting the resulting tree with all edge lengths = 1 does not immediately reveal, at least to me, where the issue(s) lie but perhaps it will to you?
Graham
------------------------------------------------------
Graham J. Slater
Assistant Professor
Department of the Geophysical Sciences
University of Chicago
5734 S. Ellis Avenue
Chicago, IL 60637 USA
Tel: [phone]
www.fourdimensionalbiology.com<http://www.fourdimensionalbiology.com>
((((((((((((Sp_102:16,Sp_101:16,Sp_100:16,Sp_99:16,Sp_98:16):5,(((Sp_97:13,Sp_96:13,Sp_95:13,Sp_94:13):4,Sp_93:17):2):2,Sp_92:21):2,Sp_91:23):3,(Sp_90:24,Sp_89:24,Sp_88:24,Sp_87:24,Sp_86:24):2):10,((((((((Sp_85:2,Sp_84:2,Sp_83:2):10,Sp_82:12):10,Sp_81:23):2,(Sp_80:15,Sp_79:15):10):2,Sp_78:27):3,(((Sp_77:9,Sp_76:9):5,Sp_75:14,Sp_74:14):6,Sp_73:20):10):3,((Sp_72:22,Sp_71:22,Sp_70:22):5.5,Sp_69:28):5.5):3,((((Sp_68:14,Sp_67:14):11,Sp_66:25,(Sp_65:12,Sp_64:12):12,Sp_63:25):7,(((((((Sp_62:4,Sp_61:4):4,Sp_60:8):4,Sp_59:12):2,((Sp_58:3.5,Sp_57:3.5):3.5,Sp_56:7):7):3,Sp_55:17):2,(Sp_54:15,Sp_53:15):4):6,(Sp_52:20,Sp_51:20):5):7):2,((((Sp_50:17,Sp_49:17):9,(Sp_48:20,Sp_47:20):6):2,(Sp_46:26,Sp_45:26):2):5,((Sp_44:20,Sp_43:20):10,((Sp_42:17,Sp_41:17,Sp_40:17,Sp_39:17,Sp_38:17,Sp_37:17,Sp_36:17):12,(Sp_35:14,Sp_34:14):14):1):3):1):2):0.5):0.5,(Sp_33:29,Sp_32:29):8):8,((((((Sp_31:11,Sp_30:11):2,Sp_29:13):3,(Sp_28:8,Sp_27:8):8,((Sp_26:5.3,Sp_25:5.3):5.3,(Sp_24:5.3,Sp_23:5.3):5.3):5.3,Sp_!
22:16,Sp_
21:16):8):8,Sp_20:32):2,Sp_19:34):11):9,((((((Sp_18:14,Sp_17:14):4,Sp_16:18):1,Sp_15:19):2,Sp_14:21):11,(Sp_13:21,Sp_12:21,Sp_11:21):11):5,Sp_10:37):17):12,(((Sp_9:14,Sp_8:14,Sp_7:14):15,Sp_6:29):27,Sp_5:56):10):25,Sp_4:91):59,(Sp_3:62,Sp_2:62):88):20,Sp_1:1.7e+02);
[[alternative HTML version deleted]]
_______________________________________________
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo

_______________________________________________
R-sig-phylo mailing list - R-sig-***@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo
Searchable archive at http://www.mail-archive

[Pedro Pequeno]

Dear Graham and Liam,

thanks for the quick responses; it works now! I knew I was missing
something trivial...

Best wishes,

Pedro

Post by Liam J. Revell
Dear Pedro.
It looks like Graham has identified the problem - that the tree has some
'singleton' nodes. These are nodes with only one (rather than 2 or more)
tree<-collapse.singles(tree)
from the 'ape' package. Hopefully this helps.
All the best, Liam
Liam J. Revell, Associate Professor of Biology
University of Massachusetts Boston
& Profesor Asociado, Programa de Biología
Universidad del Rosario
web: http://faculty.umb.edu/liam.revell/

Post by Graham Slater
Hi Pedro,
multi2di on this newick string returns a tree of 102 tips with 103 nodes,
so you seem to have a badly formatted tree. Plotting the resulting tree
with all edge lengths = 1 does not immediately reveal, at least to me,
where the issue(s) lie but perhaps it will to you?
Graham
------------------------------------------------------
Graham J. Slater
Assistant Professor
Department of the Geophysical Sciences
University of Chicago
5734 S. Ellis Avenue
Chicago, IL 60637 USA
Tel: [phone]
www.fourdimensionalbiology.com<http://www.fourdimensionalbiology.com>
((((((((((((Sp_102:16,Sp_101:16,Sp_100:16,Sp_99:16,Sp_98:16)
:5,(((Sp_97:13,Sp_96:13,Sp_95:13,Sp_94:13):4,Sp_93:17):2):2,
24,Sp_86:24):2):10,((((((((Sp_85:2,Sp_84:2,Sp_83:2):10,Sp_
3,((Sp_72:22,Sp_71:22,Sp_70:22):5.5,Sp_69:28):5.5):3,((((
25):7,(((((((Sp_62:4,Sp_61:4):4,Sp_60:8):4,Sp_59:12):2,((Sp_
58:3.5,Sp_57:3.5):3.5,Sp_56:7):7):3,Sp_55:17):2,(Sp_54:15,
Sp_53:15):4):6,(Sp_52:20,Sp_51:20):5):7):2,((((Sp_50:17,
2):5,((Sp_44:20,Sp_43:20):10,((Sp_42:17,Sp_41:17,Sp_40:17,
14):1):3):1):2):0.5):0.5,(Sp_33:29,Sp_32:29):8):8,((((((Sp_
31:11,Sp_30:11):2,Sp_29:13):3,(Sp_28:8,Sp_27:8):8,((Sp_26:5.
3,Sp_25:5.3):5.3,(Sp_24:5.3,Sp_23:5.3):5.3):5.3,Sp_!
22:16,Sp_
21:16):8):8,Sp_20:32):2,Sp_19:34):11):9,((((((Sp_18:14,Sp_17
:14):4,Sp_16:18):1,Sp_15:19):2,Sp_14:21):11,(Sp_13:21,Sp_12
:21,Sp_11:21):11):5,Sp_10:37):17):12,(((Sp_9:14,Sp_8:14,Sp_
7:14):15,Sp_6:29):27,Sp_5:56):10):25,Sp_4:91):59,(Sp_3:62,
Sp_2:62):88):20,Sp_1:1.7e+02);
[[alternative HTML version deleted]]
_______________________________________________
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo
Searchable archive at http://www.mail-archive.com/r-

[[alternative HTML version deleted]]

_______________________________________________
R-sig-phylo mailing list - R-sig-***@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo
Searchable archive at http://www.mail-archive.com/r-sig-***@r-project.org/